新設計の空冷エンジンを搭載したディバージョン400。1990年代初めと言えば、レーサーレプリカからネイキッドへと人気が移行する頃。そんな中、そのどちらでもないツアラーという新たな路線を狙って登場した。同様のスタイルのモデルとしては、ホンダのドランザルプ400V、ゼルビス、カワサキのEX-4、KLEが挙げられるが、どれもツインエンジンで、軽快さやスリムさを強調している空冷4気筒は異色の存在と言える。

輸出仕様のディバージョン600と同時に開発され、ヤマハのジェネシス思想（※）が投入された新設計エンジンは35度前傾し、BDST26ダウンドラフトキャブを採用。ストレート吸気を実現している。また、超ロングストロークがもたらすフラットなトルク、ワイドレシオの6速ミッションにより、常用域での特性と燃費性を重視。ツアラーに必要なゆったり感覚を実現している。

ワンクラス上の車格でタンデムでの長距離ツーリングにも疲れない車体は、38mmスチールチューブ製ダブルクレードルフレーム。ハーフリジット式でエンジンをマウントし、必要な剛性と低振動を両立している。足回りは、フロントが38mmのフォークに320mmシングルディスク＋異径2ポットキャリパー。リアは鉄製楕円スイングアームに、リンクレス・モノクロスサス、245mmシングルディスク＋シングルポットキャリパーという組み合わせ。ツアラーとしては必要十分な装備で、ワインディングを攻める走りにも対応できるものだ。

また、高速＆長時間ライディングでの披露を軽減するべく、風の流れを考慮したフレームマウントのカウル、グラブバー、オプションのセンタースタンドなどの各種装備は、まさに日常からツーリングまでの使い勝手を重視した、ライダーに優しいスタイルと言える。しかし、このスタイル、エンジンともに短命に終わってしまい、空冷4気筒エンジンは再度新開発されXJRシリーズへと受け継がれている。

※ジェネシス思想・・・シリンダーを前傾させることで、低重心化と吸排気の直線化を図る開発コンセプトのこと。FZ750（1985年）に始まる。

'80年	XJ400　1980年 ヤマハ初の空冷4ストDOHC4気筒400ccエンジンを搭載。スタイル、操縦性ともにバランスが取れたこのモデルは、後にクラスNo.1の人気モデルとなった。ディバージョンのエンジンは新設計だが、「XJ400S」のサブネームからも、このXJ400がルーツとなっていることを伺わせる。
'91年	ディバージョン400　1991年 ディバージョン600と同時に開発され、同じ空冷4気筒のXJ400系とは違い、新設計のエンジンを搭載。FZR400系の水冷に対し、空冷版ジェネシスエンジンだ。FJ1200のスタイリングにも似た4気筒ツアラーは他に類を見ない。
'92年	ディバージョン600　1992年 輸出モデルだった600が国内でも発売される。車体の基本構成はディバージョン400と同様。600ccのエンジンは57ps/8000rpm、5.3kg-m/7000rpmと、400ccに対して+15ps、+1.8kg-mを発揮。キャブは口径が2mm大きいBDST28が採用された。1994年を最後にラインナップから外れる。